คิริโตะ ได้รับมอบหมายให้ทดสอบระบบ FullDive รุ่นใหม่ที่ชื่อว่า Soul Translator ซึ่งพาเขาเข้าสู่โลกเสมือนจริงที่ชื่อ Underworld ที่เวลาเดินเร็วกว่าโลกจริงถึง 1,000 เท่า! ในโลกนี้ คิริโตะใช้ชีวิตอยู่ถึง 11 ปี แต่ความทรงจำทั้งหมดกลับถูกผนึกเมื่อเขากลับมาโลกจริง
จนกระทั่งวันหนึ่ง คิริโตะบาดเจ็บสาหัสและตกอยู่ในอาการโคม่า เขาจึงถูกนำตัวกลับเข้าสู่ Underworld อีกครั้งเพื่อรักษา และความทรงจำที่หายไปก็กลับคืนมา ทำให้คิริโตะต้องผจญภัยในโลก Underworld ต่อไป เพื่อค้นหาความจริงและหาทางกลับบ้าน
เรื่องราวในภาคนี้เต็มไปด้วยการผจญภัยที่ยิ่งใหญ่ การต่อสู้ที่เข้มข้น และมิตรภาพใหม่ๆ ที่คิริโตะได้พบเจอในโลก Underworld