หลังจากคิริโตะฟื้นคืนความทรงจำใน Underworld และได้กลับไปใช้ชีวิตในโลกเสมือนจริงอีกครั้ง เขาก็ต้องเผชิญหน้ากับสงครามครั้งใหญ่ที่กำลังจะเกิดขึ้น เมื่อ Vector จักรพรรดิแห่งความมืดตื่นขึ้นมาและเริ่มก่อความวุ่นวาย กำแพงที่คั่นกลางระหว่างโลกมนุษย์และโลกมืดเริ่มสลายตัวลง ทำให้สงครามระหว่างทั้งสองฝ่ายปะทุขึ้นอย่างเลี่ยงไม่ได้
อลิซ, อัศวินบูรณภาพที่เป็นทั้งเพื่อนและศัตรูของคิริโตะ ต้องรับภารกิจสำคัญในการดูแลคิริโตะและปกป้อง Underworld จากภัยคุกคาม แต่สถานการณ์กลับยิ่งเลวร้ายลงเมื่อคิริโตะถูกควบคุมจิตใจและกลายเป็นอาวุธของ Vector
สงครามครั้งนี้ เต็มไปด้วยการต่อสู้ที่ดุเดือด การเสียสละ และการตัดสินใจที่ยากลำบาก เพื่อนพ้องที่เคยร่วมทุกข์ร่วมสุขต้องมาเผชิญหน้ากันในฐานะศัตรู คิริโตะจะสามารถกลับมาเป็นตัวของตัวเองและหยุดยั้งสงครามได้หรือไม่? และสุดท้ายแล้วเขาจะสามารถกลับสู่โลกความเป็นจริงได้อย่างปลอดภัยหรือไม่?