หลังจากที่ โอคุมูระ ริน และ โอคุมูระ ยูคิโอะ สามารถเอาชนะราชามลทินแห่งเกียวโตได้สำเร็จ สงครามครั้งใหญ่ก็สิ้นสุดลง และโลกก็กลับเข้าสู่สภาวะปกติอีกครั้ง แต่ความสงบสุขนั้นกลับอยู่ได้ไม่นาน เมื่อโรงเรียนอัศวินกางเขนเริ่มรับรายงานเกี่ยวกับกิจกรรมของปีศาจที่เพิ่มมากขึ้นอย่างผิดปกติทั่วโลก ปรากฏการณ์ลึกลับต่างๆ เกิดขึ้นอย่างต่อเนื่อง ทำให้ ริน และ ยูคิโอะ ตระหนักได้ว่ายังมีภัยคุกคามที่ซ่อนอยู่เบื้องหลัง