โลกใบเก่าล่มสลายลงแล้ว โลกใหม่ที่เกิดขึ้นมาแทนที่คือ “คล็อกเวิร์ก แพลนเน็ต” โลกที่ถูกขับเคลื่อนด้วยกลไกนาฬิกาจักรกลอันซับซ้อน วันหนึ่ง นาโอโตะ นักเรียนมัธยมปลายธรรมดา ๆ ได้พบกับกล่องสีดำปริศนา ภายในกล่องนั้นซ่อนตัวอยู่สาวน้อยออโตมาตาผู้หนึ่ง เธอถูกสร้างขึ้นมาด้วยเทคโนโลยีขั้นสูง แต่กลับถูกปิดเครื่องไปนานถึง 200 ปี เพราะข้อผิดพลาดเพียงเล็กน้อย
การพบกันของทั้งสองจุดประกายให้เกิดเรื่องราวมากมาย นาโอโตะต้องคอยดูแลและซ่อมแซมออโตมาตาสาวน้อยรายนี้ ขณะเดียวกัน เธอก็เล่าเรื่องราวเกี่ยวกับโลกใบเก่าและความลับของคล็อกเวิร์ก แพลนเน็ตให้เขาฟัง ทำให้นาโอโตะต้องเผชิญหน้ากับความจริงที่ว่าโลกที่เขาอาศัยอยู่นั้นไม่สมบูรณ์แบบอย่างที่คิด และมนุษย์ก็ยังไม่สามารถสร้างสิ่งที่สมบูรณ์แบบได้
เรื่องราวของนาโอโตะและออโตมาตาสาวน้อยจะพาเราไปสำรวจโลกที่แปลกประหลาดและน่าสนใจ โลกที่เทคโนโลยีและจิตวิญญาณของมนุษย์มาบรรจบกัน การเดินทางของพวกเขาจะนำไปสู่การค้นพบความหมายของชีวิต ความรัก และความหวังในโลกที่ถูกกำหนดโดยกลไก