ในยุคที่เทคโนโลยีเข้ามามีบทบาทสำคัญในชีวิตประจำวันของมนุษย์ ระบบเครือข่ายคอมพิวเตอร์ หรือ Computer Network ได้กลายเป็นสิ่งที่ขาดไม่ได้ แต่เบื้องหลังเครือข่ายอันซับซ้อนนี้ ยังมีอีกโลกหนึ่งที่ซ่อนอยู่ นั่นคือ โลกดิจิทัล หรือ Digital World ซึ่งเป็นที่อยู่อาศัยของเหล่าสิ่งมีชีวิตดิจิทัลที่เรียกว่า ดิจิมอน
เมื่อระบบเครือข่ายขนาดใหญ่ในเมืองหลวงเกิดขัดข้อง สัญญาณไฟจราจรและป้ายโฆษณาแสดงข้อความแปลกประหลาด สื่อมวลชนต่างพากันตีข่าวว่าเป็นการก่อการร้ายทางไซเบอร์ ยางามิ ไทจิ เด็กชายวัยประถมศึกษาคนหนึ่ง ได้เข้าไปพัวพันกับเหตุการณ์นี้ เมื่อเขาพยายามไปช่วยแม่และน้องสาวที่ติดอยู่บนรถไฟ แต่กลับหลุดเข้าไปในโลกดิจิทัลโดยบังเอิญ
ในโลกดิจิทัลที่เต็มไปด้วยอันตราย ไทจิได้พบกับ ดิจิมอนคู่หู ของเขา และได้ร่วมมือกับเด็ก ๆ อีกหลายคนที่หลงเข้ามาในโลกนี้เช่นกัน พวกเขาต้องเผชิญหน้ากับดิจิมอนร้ายที่ก่อความวุ่นวาย และค้นหาหนทางกลับสู่โลกเดิม